Procesando...La historia se sitúa inmediatamente después de los acontecimientos de Grisaia no Meikyū, con Yūji Kazami haber sido detenido por presunta relación con una organización terrorista internacional, encabezada por brezo de Oslo, que ha logrado entrar en las fronteras de Japón con una nueva devastadora arma de destrucción masiva en la mano.
Yuuto Suoh está dispuesto a demostrar que las leyendas urbanas son solo eso, leyendas urbanas, así que junto a Mitsuki Shimoya, quien lo conoce bien desde la infancia, decide ir a probar una de ellas. Cuando se saca una foto con su teléfono delante del espejo divino del templo de su ciudad, acaba transportándose a otro mundo que parece ser la base de la inspiración de la mitología nórdica. Ahora tendrá que usar el poder de su móvil y sus conocimientos de la era moderna para hacer que el Clan del Lobo, quienes lo acogieron y rescataron, se conviertan en unos triunfadores… a la par que se lleva de calle a un grupo de doncellas guerreras conocidas como las Einherjar.
Kenji Masaki, un muchacho de 15 años, es invocado a un mundo llamado Gemiar, el cual es un lugar en donde han existido peleas interminables contra replicas de armas llamadas Seikishi (humanoides), encontrados en antiguas ruinas.
Japón construyó un exoesqueleto armado llamado “Infinite Stratos” (IS) y resultó ser la mejor de las armas. Como sólo las mujeres pueden operar con IS, son las mujeres las que dominan la sociedad en frente de los hombres. Orimura Ichika es un chico de 15 años y accidentalmente toca un IS en la escuela de entrenamiento de pilotos. Descubre ser el único hombre que puede operar con los IS y es obligado a ingresar en la escuela. La complicada vida escolar de Ichika rodeado de sólo chicas acaba de empezar.
Takuma Akutsu es un joven de preparatoria al que le aterroriza el contacto humano y solo quiere llevar una vida tranquila... idea que se desvanece por completo cuando nueve hermanas Valkyries llegan a su casa y se instalan a vivir en ella. El joven tendrá que criar a las chicas para aumentar su nivel y que puedan derrotar a los monstruos que amenazan a la humanidad. ¿Y cómo subir su nivel? ¡Haciendo cosas pervertidas con ellas!
El Club Vecinos, un club fundado con el propósito de hacer amigos, es donde chicos y chicas desafortunados con pocos amigos viven sus tristes vidas. Aunque Yozora Mikazuki tuvo un incidente al final del verano, la vida diaria del club sigue como siempre. Una extraña monja, miembros del consejo escolar y otras caras nuevas harán su aparición, causando que la vida de Kodaka Hasegawa sea más movidita. Mientras disfrutan del parque de atracciones, jugando, celebrando aniversarios y retándose, las relaciones entre los miembros empiezan a cambiar.
A Rentaro Aijo lo rechazaron 100 veces hasta que terminó secundaria. Desesperado, visita un santuario para rezar por tener más suerte en su nueva fase como estudiante y poder conseguirse una novia. Es entonces cuando aparece ante él el Dios del Amor y le da una buena noticia: conocerá a su alma gemela en la preparatoria, ¡y no solo a una, sino a 100! Pero hay una trampa: si conoce a su alma gemela, deberán acabar juntos y amarse mutuamente, porque de lo contrario, ¡la chica morirá! ¿Qué hará Rentaro con sus 100 novias en preparatoria?
