Procesando...10 años antes de los eventos ocurridos en Fate/Stay Night y en Unlimited Blade Works, se lleva a cabo en Ciudad Fuyuki el 4° Heaven Feels, un torneo donde 7 magos invocan a 7 espiritus heroicos llamados servants para competir por el Santo Grial, el “recipiente omnipotente” capaz de conceder cualquier deseo; Despues de haber perdido las 3 guerras anteriores, los Einzbern estan dispuestos a ganar la 4° guerra a cualquier costo y para ello se hacen con los servicios de un hombre llamado Emiya Kiritsugu, mejor conocido como el magus killer, quien tendra que derrotar a 6 poderosos oponentes si desea hacerse con el grial y así hacer realidad su ideal.
Cada 10 años se lleva acabo un ritual, una guerra entre 7 magos escogidos por una fuerza omnipotente, cuyo objetivo es invocar el "Santo Grial" y que este le conceda al vencedor un unico deseo que sera realizado sin importar lo que se pida. Para luchar los magos seran provistos de un Sirviente (Servant) que es un Espiritu Heroico (Espiritus que en vida fueron grandes Heroes) invocado unicamentre gracias al poder del Santo Grial. Shiro Emiya fue salvado de un inmenso incendio 10 años atras por un mago llamado Kiritsugi Emiya, posee muy poco talento para la magia pero se ve involucrado en la nueva guerra y su servant es invocado de manera poco convencional, confundido, decide participar de la lucha con la determiancion de detener esta locura como de lugar, su servant es abrumadora, elegante y muy noble, se enamora inevitablemente, durante las luchas el determinara el destino de esta especial mujer.
En un mundo compuesto por numerosas islas, un joven héroe de la Isla de Astora se encuentra con el aventurero Kyle y lo sigue en una expedición a la isla. Se encuentran con una misteriosa chica llamada Iris y un gato blanco parlante, y juntos se dirigen a las ruinas de la isla, donde encuentran una isla voladora. Allí Kyle se ve consumido por la oscuridad, y el grupo decide viajar a los confines del mundo en la isla voladora para encontrar las siete "Grandes Runas", siguiendo las palabras de Kyle antes de desaparecer.
Como la entidad más poderosa de todos los tiempos, el Señor Demonio Varvatos cree que la vida es bastante aburrida. Cuando toma el asunto en sus propias manos y decide reencarnar, calibra su fuerza mágica para que sea perfectamente normal. Pero no hay forma de que pudiera haber predicho que todos en el mundo moderno serían débiles como insectos, ¡lo que significa que él está totalmente dominando el mundo una vez más! Renacido bajo el nombre de Ard, tiene mujeres que lo adulan, la familia real rogándole que se convierta en el próximo rey y un antiguo subordinado que insiste en matarlo. ¡Pero Ard tiene una mente de un solo camino, y no se detendrá ante nada para lograr su objetivo final!
Ryouma Takebayashi muere mientras duerme a la edad de 39 años después de llevar una vida de infortunio. Compadeciéndose de él, tres deidades le ofrecen la oportunidad de reencarnarse en un mundo mágico donde sólo tiene una misión: ser él mismo y disfrutar de la vida. Le confieren a Ryouma poderosas habilidades físicas, así como la afinidad de dominar todos los elementos, y prometen vigilarlo. Su nueva vida de niño comienza oficialmente cuando es teletransportado a un bosque.
El clan Kannagi esta compuesto por miembros de una familia capaz de invocar a los espíritus del fuego y usarlos a su antojo. Sin embargo Kazuma, quien pertenece a este clan,no puede hacerlo. Por tal motivo, tras enfrentarse a Ayano, la futura líder del clan, es expulsado por su padre. Ante esto Kazuma con sus sentimientos que lo desbordaban decide firmar un contrato con el supremo espíritu del viento. Así luego de cuatro años de un arduo entrenamiento se convierte en un maestro en el uso de este elemento y ahora regresara con una nueva identidad y un asombroso poder.
Guiada por la Llave de los Sueños, Sakura se embarca en una nueva aventura. Sakura logró capturar todas las Cartas de Clow que podrían haber provocado un cataclismo en el mundo y las convirtió en sus Cartas de Sakura. Ahora ha llegado la primavera, los cerezos están en flor y Sakura está por comenzar una nueva etapa en la secundaria. Su querido Syaoran ha regresado de Hong Kong y Sakura está muy ilusionada por poder ir a clase de nuevo con él. Es entonces cuando una noche ocurre algo extraño a sus cartas...
