Procesando...Shibuya, Japón, 2008. Takumi Nishijou, es un estudiante de secundaria de la Academia Privada Suimei, que un día se entera de los asesinatos de New Gen, que han estado ocurriendo por toda la ciudad. No le da mucha importancia ya que no le afecta, pero Tekumi empieza a experimentar contratiempos extraños, desde una horrible fotografía que recibió mientras estaba en su ordenador, hasta una misteriosa chica pelirroja esperando en la escena del crimen. Desde entonces, Takumi lucha para hacer frente a los acontecimientos que se desarrollan a su alrededor, pero pronto se desvanece la linea que separa lo real de la ilusión. A medida que su destino se abre ante él, el ejecutor de los crímenes de New Gen lo encuentra, y lo lleva a un mundo donde nada es lo que parece.
Holmes es un joven cuya familia regenta una tienda de antigüedades en Kyoto con dos habilidades: leer a la perfección a las personas y distinguir al instante entre una antigüedad genuina y una sin valor. Cuando la joven estudiante Aoi Maki comienza a trabajar con Holmes, juntos se dedicarán a desvelar los muchos misterios que rodean a las antigüedades que llegan a la tienda.
A finales del siglo XIX, la esposa de un vampiro es asesinada y el detective conocido como el "usuario de jaulas" es llamado para resolver el crimen. Pero hay más en el detective y en la jaula para pájaros con cortinas que lleva consigo... después de todo, al resolver un caso que involucra a un monstruo, ¡puede que se necesite uno para conocer a otro!
En Ikebukuro, las vidas de sus ciudadanos continúan entrelazándose como si sus destinos estuvieran predestinados. Mikado Ryuugamine está ahora un paso más cerca de su objetivo de vivir una vida emocionante, y, a su vez, profundiza en el lado más oscuro de Ikebukuro. Después de obtener el control absoluto sobre un antiguo rival, utiliza su poder recién descubierto a su antojo, purgando los Dollars desde el interior para convertirlo en la organización ideal. Esto demuestra ser tan desafiante como parece, ya que Mikado ahora debe lidiar con interferencias externas no deseadas, sobre todo con un amigo reemergido y muy extrañado. Mientras tanto, Izaya Orihara todavía tiene algunos esquemas en la manga, aunque un centro de intercambio de información rival ha demostrado ser un gran obstáculo, al acecho dentro del distrito del centro favorito de todos. Sin dudas, tarde o temprano, el caos volverá a atacar.
En tiempos actuales, aparecen misteriosos monstruos que atacan a la gente, que queda completamente a su merced ante esta situación extrema. ¿Por qué atacan a las personas y de dónde aparecen? Sousuke Banba es un científico que investiga en busca de la verdad con la palabra en clave Kagewani…
En el año 2006, la humanidad se encuentra con un misterioso fenómeno llamado “Algernon”. Nada se sabe acerca de Algernon, pero la gente que ha estado involucrada con el esta muerta. Un día, el misterioso fénomeno Algernon ocurre en el subsuelo del parque de diversiones Bottom World. Donde Keita por razones del destino llega, y se encuentra a su amiga de la infancia Hinoki manejando al “Kakuseijin”. Keita y Hinoki encuentran un gran número de misterios y monstruos através de aterradoras aventuras. Pero…¿qué será realmente “Algernon”?…¿y qué es Betterman?…¿Por qué Betterman les ayuda a Hinoki y Keita cuando están en peligro? La pesadilla de las 26 noches comienza…
Aunque la paz finalmente ha regresado a Ikebukuro, muchas de las ocurrencias extrañas se han convertido en puntos de interés comunes alrededor de la ciudad. Uno de esos casos es la búsqueda constante de la policía de Celty Sturluson, el jinete sin cabeza. Además, alguien le ha dado una gran recompensa, encendiendo la motivación de los miembros de las pandillas para comenzar a buscar a la criatura sobrenatural también. Mientras tanto, Aoba Kuronuma se aproxima a Mikado Ryuugamine, un misterioso estudiante de tercer año con intenciones desconocidas, quien revela que conoce la verdadera identidad de Mikado. Pero el estado de tranquilidad de Ikebukuro es efímero, ya que aparece una nueva amenaza en la forma de un asesino que se conoce con el seudónimo de “Hollywood”, conocido por usar una máscara diferente cada vez que comete un crimen. A medida que los diversos eventos que se llevan a cabo demuestran estar conectados una vez más, Ikebukuro se ve envuelto en otro conflicto que amenaza con sumergir a toda la ciudad en el caos.
La historia de la novela original se desarrolla alrededor de Souhei Saikawa, un miembro del Saikawa Research Lab. En unas vacaciones patrocinadas por el laboratorio, conoce a Moe Nishinosono, hija de su mentor, que se une al grupo durante las vacaciones a pesar de no ser parte del equipo del laboratorio. Después de conocerse, ambos terminan encontrando un cadáver, y empiezan a trabajar para resolver los misterios de un caso de asesinatos en serie.
