Procesando...Yoshimura Mamoru es un nuevo estudiante del Colegio Beatrice donde se especializa en la investigación del poder mágico llamado Beatrice. Mamoru al ser un estudiante con grandes calificaciones es aceptado. En la entrada del colegio en su primer día vé a una hermosa chica y al cruzarse con ella, le pide que sea su novia. Esta noticia arma un revuelo en todo el colegio sobre todo lo del centro estudiantil que ven la oportunidad de divertirse. Mamoru se va enterando que esa chica se llama Ayako y es la más poderosa de las Beatrices, también es muy famosa por su temperamento por lo que la llaman la “bruja beatriz”. Por su poder es llamada a luchar contra las personas que abusan del poder de la Beatrice. Mamoru al escuchar los rumores sobre Ayako pierde confianza de salir con ella pero a medida que va conociéndola se dá cuenta que en definitiva es una chica como cualquiera y decide protegerla y quererla… pero tendrán privacidad esta nueva parejita?
Todo comenzó con la muerte de uno de los miembros del Club de Astronomía. A partir de esto, el rumorizado fantasma del club cobró vida. El gruñón insomne Ganta Nakami se topa con la moderadamente rebelde pero tranquila Isaki Magari en el observatorio abandonado del Club de Astronomía. Magari despierta sobresaltada e intenta escapar de la escena, pero una puerta rota se lo impide, forzando a ambos a entrar. Los dos forjan una amistad improbable, lo que les lleva a utilizar el observatorio como un lugar seguro para interactuar. Kimi wa Houkago Insomnia sigue a los insomnes Nakami y Magari en su tiempo en el observatorio estrellado mientras se ayudan mutuamente a lidiar con el insomnio y los efectos duraderos que tiene en la vida estudiantil.
Moritaka Mashiro y Akito Takagi han hecho un largo camino desde que empezaron a dibujar manga en la escuela de secundaria, pero hay desafíos a los que aún tienen que hacer frente, ya que su objetivo es que uno de sus mangas tenga una adaptación al anime. Y mientras continúan creciendo tanto a nivel artístico como personal, se encontrarán con nuevos amigos, enemigos, y nuevos obstáculos que superar.
Hanazono Karin es una niña a la que le mueren los padres y vive con su tía. Es una niña con muy mala suerte, no tiene buenas notas ni es buena otras cosas ni siquiera tiene amigos tan solo un gato que muere. Por esta muerte Karin va a visitar la tumba de su querido gatito y se encuentra con un chico (Kazume, no muy amigable) pero este se da cuenta que Karin lleva un anillo con los poderes ocultos de una Diosa y que tanto el como su prima (Himeka) deberán ayudarla a convertirse en esa Diosa.
Rosette Christopher es una exorcista que trabaja para una organización religiosa (Orden de Magdalena). Además de su trabajo, ella realiza una búsqueda de su hermano, el cual ha sido secuestrado por un demonio (Aion). El objetivo de este demonio es la captura de los apóstoles, seres bendecidos con alguna cualidad divina. En su periplo, Rosette está acompañada por un demonio llamado Chronos, con el cual hizo un pacto para obtener su ayuda, con la desventaja de que cada vez que utilice la magia de Chronos, ella acortará su vida cada vez más.
Yasaka es un chico de trece años que durante las vacaciones de verano vive en casa de su abuelo. Un día entra en una tienda y conoce a Arashi, una hermosa chica de dieciséis años que trabaja allí. Después de protegerla de un hombre que afirmaba haber sido contratado por la familia de la chica para traerla de vuelta a casa por la fuerza, Yasaka huye con ella y se la lleva a la casa de su abuelo. No le lleva mucho tiempo a Yasaka el pensar que su nueva amiga no es una chica normal, ya que posee misteriosos poderes. La trama se complica cuando encuentra una fotografía de Arashi y otra chica que se llama Kaja, y para su sorpresa, Kaja aparece de repente, y como Arashi, su aspecto es igual que la fotografía.
El primer juego está ambientado en la era Taisho, a principios del siglo XX. Para proteger a su familia, una chica decide casarse con un hombre cuyo nombre ni siquiera conoce. Sin embargo, antes de que pueda hacerlo, su hermano pequeño se suicida en un fuego misterioso, portando un enigmático libro en la mano. La Agencia de Tratamiento de Recursos de la Información de la Biblioteca Imperial (conocida también como Fukuro) aparece frente a la chica. Según esta organización, existen libros llamados Maremono que ejercen una gran influencia en aquellas personas que los leen. Además, la chica ha conseguido la habilidad de ver un Aura debido al incidente de su hermano. A pesar de su confusión, la protagonista decide abandonar la jaula que era su vida anterior.
La invención de los Grav-Shoes, unos zapatos especiales que en realidad son dispositivos antigravitacionales, cambia drásticamente el mundo al proporcionar a las personas la capacidad de surcar libremente los cielos. Asuka Kurashina se transfiere a la preparatoria Kunahama, donde conoce a Masaya Hinata y Misaki Tobisawa, quienes le hablan del deporte aéreo de moda: el Flying Circus, o FC para abreviar. Fascinada por este deporte, Asuka se une de inmediato al club de FC de la escuela. Ella y sus compañeras en ocasiones viven momentos de tensión, pero también se apoyan unas a otras en la persecución de sus respectivos objetivos mientras se baten en duelo contra formidables rivales para poder triunfar en el torneo de verano de FC.
