Procesando...Takasugi y el Kihetai han regresado, ahora con un aliado que posee una espada demoníaca. Dependerá del Yorozuya evitar que Takasugi lleve a cabo su plan de arrasar con Edo dejando a un lado los sentimientos que tuvieron como compañeros de lucha en la guerra contra los Amanto. Durante la noche, el terrorista Kotaro Katsura es atacado por un espadachín asesino. El camarada de Katsura, Elizabeth, va al trío Yorozuya solicitándoles su ayuda en la búsqueda de Katsura. Mientras Shinpachi Shimura y Kagura van a buscar Katsura, Gintoki Sakata recibe una petición para encontrar al asesino por el espadero Murata Tetsuya para recuperar la espada mecánica Benizakura que ha sido tomada por un asesino en serie. Shinpachi y Elizabeth son emboscados por el asesino Nizo Okada que afirma haber matado a Katsura.
La historia sigue a un muchacho de nombre “Oota Shou” quien estaba en un equipo de fútbol que tuvo que ser disuelto por falta de miembros. Dispuesto a revivirlo junto con una chica que conoce “Takato Erika” deciden reunir a los antiguos miembros del disuelto equipo para que así una vez mas puedan jugar al fútbol juntos y convertirse en los mejores de la Galaxia.
La historia está centrada en los “Chronos Rulers”, aquellos que luchan contra los demonios devoradores de tiempo que aparecen cuando la gente desea poder volver al pasado. Los Chronos Rulers luchan contra estos demonios en batallas de manipulación del tiempo.
Kou kitamura, amigo de la infancia de Wakaba Tsukishima, que tiene tres hermanas. Los Tsukishima poseen un centro de bateo y una cafetería, mientras que los Kitamura poseen una tienda de deportes, por ello su relación es muy estrecha. Wakaba considera a Kou como a su novio, mientras que este pasa alguna que otra dificultad por este echo ya que ella es muy popular. Intentando salvarse de unos matones termina jugando en un partido de baseball del barrio, demostrando sus grandes dotes para dicho deporte.
Hibiki nuestro protagonista, viene de un planeta donde solo hay hombres, lo cual justifica su poca habilidad para tratar a las mujeres, es un mecánico inconforme que no sobresale entre los demás, el quiere demostrar su existencia, y este deseo lo lleva a una serie de eventos que terminan con él en una nave pirata llena de mujeres proveniente de un planeta habitado solo por este genero, donde conoce a tres muy especiales con personalidades bien definidas, entre sus enredos y la lucha contra un enemigo común de los dos planetas. ellos tratan de entenderse, para poder vencer al poderoso enemigo. tarea nada fácil teniendo en cuenta la forma en la que se deben compenetrar.
Kaname Okimura, un estudiante del Instituto Umineko Shougyou, abreviado como «Umisho», se une al equipo de natación del instituto para aprender a nadar, pero el club está lleno de gente rara, dejandole que aprenda solo a nadar. Entonces, una sonriente y superfeliz chica llamada Amuro Ninagawa, recien trasladada desde Okinawa, se une al club. Su extraordinaria velocidad bajo el agua y su estilo nada ortodoxo (junto con su costumbre personal de nadar desnuda, para deleite de sus compañeros) sorprende a todos os miembros del club, especialmente a Okimura, debido a que ella le recuerda a algo parecido a una sirena que vio una sola vez cuando era pequeño y lo dejo traumatizado.
Nanako Yukishiro es una joven que solo puede comunicarse con los demás usando senryu, un estilo de poesía similar al haiku pero más orientado el humor. Eiji Busujima es un chico con aspecto intimidante pero que es miembro del club de literatura. La historia nos muestra las interacciones de esta peculiar pareja a base de versos de 17 sílabas.
Tras aparecer en la Prism King Cup representando a Edel Rose y haber probado lo que sería ser un futuro Prism Star, Shin Ichijo comienza la primavera como estudiante de primero en la división de Instituto/Preparatoria de la Academia Kakyoin. Koji, Hiro y Kazuki de Over The Rainbow abandonaron Edel y formaron una nueva agencia. Todos han estado bastante ocupados. Mientras tanto, tras haberle robado Hiro el título de Prism King, el líder de Schwarz Rose, Jin Norizuki, propone PRISM.1, donde se decidiría otro nuevo rey aparte del Prism King. Es entonces cuando anuncia que Schwarz Rose y Edel Rose competirán entre ellos. Una historia sobre los conflictos y problemas que unos jóvenes tendrán que superar para convertirse en Prism Stars y el Prism Show que guardan en sus corazones.
