Procesando...Riki Naoe y sus amigos han completado el grupo de béisbol Little Busters y después de superar algunos conflictos con algunos de sus nuevos miembros, Riki y Rin se acercan poco a poco al "secreto de su mundo". ¿Están preparados para la verdad? En este mundo lógico, algo se empieza a desarrollar y pronto llegará el día donde las vidas de los Little Busters cambiará para siempre.
Después de los acontecimientos del caso Lost Logia, Nanoha espera pacientemente el día en que se pueda volver a reunir con su amigo reencontrado, Fate. Aún siendo una maga excepcionalmente poderosa, Nanoha pasa sus días con normalidad, con sus amigos en la Tierra. Pero la paz es destrozada de repente cuando un poderoso mago ataca a Nanoha. Un grupo de magos violentos han estado atacando todo a su antojo con sus poderes mágicos. Nanoha y Fate, junto con sus amigos Yuuno, Arf, Chrono y la Oficina de Administración Espacio-Temporal deben una vez más parar a los magos renegados antes de que puedan herir a alguien.
Tras tres años de reclusión, la vampira Terakomari Gandesblood (Komari, para abreviar) se despierta y descubre que ha sido nombrada comandante del Ejército Imperial Mulnita. El problema es que su nueva unidad está formada únicamente por rufianes beligerantes que se rebelan contra sus superiores al menor indicio de debilidad. Aunque Komari procede de un linaje de vampiros tan poderosos como prestigiosos, su negativa a beber sangre la ha convertido en la viva imagen de la mediocridad: flaca, descoordinada e inepta para la magia. Con todas las probabilidades en su contra, ¿bastará la ayuda de su fiel (y ligeramente enamorada) criada Vill para que esta reclusa se abra camino hacia el éxito? ¿O lamentará Komari el día en que abandonó la seguridad de su habitación?
Bonda Natsunosuke es zurdo, tiene 26 años, es soltero y juega como lanzador los Jingu Spiders, un equipo profesional de béisbol. Se convirtió en profesional justo tras acabar la preparatoria y es su octavo año como profesional, ganando 18 millones de yenes anuales aunque no es un jugador de primera categoría. "No sé cuántos años podré jugar tras cumplir los 30". "Solo unos pocos pueden ser entrenadores o comentaristas al retirarse". "Hay jugadores que, al retirarse, acaban viviendo en algún antro y sobreviviendo con un solo millón de yenes al año". "Los jugadores de béisbol necesitan ganar tanto dinero como puedan antes de retirarse". La realidad es dura, pero Bonda sabe que un campo de béisbol es un campo de dinero, y nadie lo maneja como él.
El anime nos cuenta el día al día de los miembros del Shinsengumi, pero dibujado al estilo SD.
La historia comienza en una tierra ficticia que podríamos situar sobre la zona de Alemania. La acción se sitúa tres años después de una cruenta guerra que ha debilitado al imperio y, con la consecuente escasez de comida y trabajo, muchos ciudananos se ven obligados a la mendicidad. Con tal de reconstruir el país, el ejército crea una sección nueva, con tal de dar apoyo a los damnificados por la guerra. Esta es la sección 3. Sus comienzos son bastante malos, por lo que enseguida es apodada como la tranquila y relajada sección 3. Al poco de su creacción solo tienen 2 miembros, el Capitán Hunks y la Sargento Mayor Lili Stecchin y el perro Mercury.
Akari ya se ha convertido en una Single (gondolera semi-profesional), como su amiga y rival Aika. Las dos, junto con Alice, la estudiante del Orange Planet, seguirán su duro entrenamiento para convertirse en profesionales como sus senpai. En sus entrenamientos seguirán descubriendo los secretos que posee el planeta Aqua y su tradición que adoptaron de la vieja Venecia de la Tierra. Akari también aprenderá los distintos pasados de la gente que la rodea y como ella, no habiendo nacido en ese planeta, sigue amándolo.
